В отличие от своих современников, свято веривших в идеалы прогресса и улучшения мироустройства и человека, он с поразительной прозорливостью предсказал катастрофы ХХ века. Его консервативные взгляды плохо сочетались с современной ему идеологией, прежде всего с подъемом национального самосознания отдельных народов, которые он считал губительными для общеевропейского культурного развития. Ему, почитателю готики и барокко, было сложно принять ходульный позитивизм эпохи Просвещения. Буркхардт с печалью наблюдал упадок прежнего жизненного уклада европейцев, прежде всего в городской среде.
Семья Буркхардтов, разбогатевшая на производстве и торговле шелком, 300 лет входила в число самых влиятельных в Базеле. Богатство родителей обеспечило Якобу возможность получить прекрасное образование, выучить греческий. Тогда же начинается его постепенный выход из рамок протестантской философии
В 1839 году Буркхардт поступил в Берлинский университет, где преподавали самые знаменитые немецкие историки того времени — Леопольд фон Ранке и Франц Куглер. Однако в отличие от Ранке, в истории швейцарского югношу привлекали не законы и политика и дипломатия, а искусство и архитектура.
В 1837 года, когда Буркхардт предпринял пешее путешествие через Альпы на Апеннины, навсегда полюбив Италию, гуда он с тех пор возвращался ежегодно. Множество изданий выдержал его путеводитель по художественным памятникам Италии.
В 1840-х годов он уехал преподавать в Боннский университет, где работал историк искусства Готфрид Кинкель. Переломной для мировоззрения Буркхарда стала революция 1848 г., которая еще больше разочаровала его в современном мире. Кроме того это был год личной драмы – единственная женщина, которую он любил, предпочла выйти за базельского банкира. После этого историк так и не женится.
В 1858—1893 годах он преподавал в Базельском университете. До 1886 года он читал курс по европейской истории от Древней Греции до Французской революции, однако в последние годы сосредоточился на истории искусства.
Буркхардт вышел в отставку за четыре года до смерти. Среди его почитателей был даже Фридрих Ницше, скептически относившийся к большинству своих современников.
Якоб Буркхардт скончался 8 августа 1897 г. в Базеле в возрасте 79 лет.
